Hovedformålet med forordningen er å sikre at det indre marked fungerer effektivt, samt å sørge for et høyt beskyttelsesnivå for forbrukernes helse. I erkjennelsen av at det alltid vil være en rekke ulike faktorer som vil kunne ha en direkte eller indirekte innvirkning på næringsmiddel tryggheten, er forordningen gitt et bredt anvendelsesområde fra primærproduksjonen av næringsmidler og fôr og helt frem til overlevering av næringsmidler til forbrukerne. Regelverket er basert på et helhetssyn, som dekker hele spekteret fra jord/fjord til bord. Et grunnleggende prinsipp er at regelverket skal baseres på vitenskapelige vurderinger av høy kvalitet, som utarbeides av uavhengige eksperter etter en risikoanalyse. Ved innføring av midlertidige tiltak skal det legges vekt på føre-var-prinsippet (forsiktighetsprinsippet). Det skal også sikres sporbarhet av fôr og næringsmidler, samt av ingredienser, dyr og innsatsvarer som benyttes i fôr- og næringsmiddelproduksjonen. Det primære ansvaret for næringsmiddel- og fôrtryggheten ligger hos virksomhetene, mens medlemsstatene har ansvaret for å sikre håndhevelse av næringsmiddellovgivningen. Prinsippene i forordningen skal gjøres gjeldende i næringsmiddellovgivningen så snart som mulig og senest innen 1. januar 2007.

Kommisjonen vurderer forordningen som en slags overordnet forordning på matområdet, som ved sine definisjoner og materielle regler legger føringer for alt nytt regelverk på matområdet.

EU har som nevnt valgt å opprette en europeisk myndighet for næringsmiddeltrygghet, kalt European Food Safety Authority (EFSA). EFSAs hovedoppgave er å være et vitenskapelig sentrum for fremskaffelse av uavhengige vitenskapelige risikovurderinger i saker som har en direkte eller indirekte virkning på næringsmiddeltryggheten; herunder risikovurderinger knyttet til dyrehelse, dyrevelferd og plantehelse. I tillegg skal EFSA også foreta risikovurderinger knyttet til genmodifisert mat, på generell basis, og på ernæringsmessige spørsmål knyttet til fellesskapslovgivningen.

EFSA er organisert med et styre, en daglig leder med et sekretariat, et rådgivende utvalg (som skal gi daglig leder råd, tjene som et system for informasjonsutveksling om potensielle risikoer og felles anvendelse av kunnskap, samt sikre et tett samarbeid mellom organet og vedkommende organer i medlemsstatene), en vitenskapskomité og flere faglige vitenskapspaneler.
EFSA skal finansieres av et bidrag fra EU og fra enhver annen stat som EU har inngått avtaler med.

Merknader
Norske fagmiljøer og myndigheter ser svært positivt på den helkjedetankegangen og de faglige prinsippene som ligger til grunn for forordningen, noe som er tatt hensyn til under utformingen lov 19. desember 2003 nr. 124 om matproduksjon og mattrygghet mv.(matloven). Forordningen vil bli gjennomført nasjonalt i forskrift hjemlet i matloven.

Forordningen vil bli gjennomført nasjonalt i forskrift hjemlet i matloven.

Det er viktig at Norge får anledning til å delta i EFSA for å kunne være med å påvirke i fora som bidrar til regelverksutvikling. Det er utarbeidet et forslag til tilpasningstekst som blant annet regulerer EFTA-landenes deltakelse i myndigheten, samt regulerer videre hvilke prosedyrer som skal gjelde for EFTA-landene i krisesituasjoner og konflikttilfeller.

Deltakelse i EFSA innebærer en forpliktelse for Norge til å bidra økonomisk til myndigheten.
EFSAs budsjett for 2008 er om lag 65 millioner euro. Med bakgrunn i EØS-avtalens artikkel 82(1)(a) i og protokoll 32 til EØS-avtalen vil EØS/EFTA-landene i 2008 til sammen gi om lag 1,52 millioner euro for deltakelse i myndigheten. Dette tilsvarer 2.33 % av det totale budsjettet. Av denne summen vil Norges bidrag være om lag 1,43 millioner euro (med dagens valutakurs 11,3 millioner kroner).