Merknader
Rådsvedtak 2006/512/EF innfører en ny regelverksprosedyre med kontroll og gir Europaparlamentet større innflytelse på nye gjennomføringsregler. I motsetning til den vanlige regelverksprosedyren innebærer denne nye prosedyren at også forslag fra Kommisjonen som komitéen under direktivet er enig i, skal forelegges Rådet og Parlamentet, som begge kan motsette seg forslaget med hhv. kvalifisert og vanlig flertall innen 3 måneder. Hvis komitéen er mot forslaget, skal det også som før oversendes Rådet og Parlamentet. Rådet har 2 måneder på seg til å ta stilling til forslaget med kvalifisert flertall. Parlamentet har 4 mnd. på seg til å fatte vedtak med flertall, og kan hindre at forslaget vedtas selvom Rådet støtter forslaget eller ikke fatter noe vedtak.

Sakkyndige instansers merknader
Både Annex IIB om kriterier for å avgjøre om en GMM er uten fare for helse og miljø og kan innlemmes i Annex IIC (dvs unntas fra direktivet) og Annex III om prinsipper for risikovurdering har tilhørende retningslinjer (gitt i hhvs Kommisjonsvedtak 2005/174/EF og 2000/608/EF). Direktiv 90/219/EF med endringer inneholdt Kommisjonsvedtak 2005/174/EF i sin helhet, mens 2000/608/EF ikke en gang er referert til. Dette er reversert i det nye direktivet: Retningslinjene i Kommisjonsvedtak 2005/174/EF er utelatt og ikke referert til, mens Annex III har fått inn referansen til retningslinjer om risikovurdering i Kommisjonsvedtak 2000/608/EF. På direkte henvendelse svarer sakkyndige i Kommisjonen at dette ikke har noen betydning for det materielle innholdet.

Vurdering
Direktivet er i praksis bare en sammenfatning av det opprinnelige regelverket med endringer og innebærer ingen materielle endringer. Det må anses som allerede innlemmet i EØS-avtalen og implementert i henhold til denne. Endringene omhandler EUs interne prosedyrer for vedtakelse av utfyllende regler til direktivet og medfører ingen endringer i rettigheter eller forpliktelser for myndigheter, borgere eller foretak. Bortsett fra å endre teksten i EØS-avtalen ved å erstatte "90/219/EØF med endringer" med "2009/41/EF" anses ikke øvrige tiltak å være nødvendig.

Status
Europaparlaments- og rådsdirektiv 2009/41/EF av 6. mai 2009 om innesluttet bruk av genmodifiserte mikroorganismer (Omarbeiding) trådte i kraft 10. juni 2009 og opphever direktiv 90/210/EØF med endringer. Direktivet behandles gjennom skriftlig prosedyre i EØS-spesialutvalget for miljø med frist den 15.1.2010.